A primeira coisa a fazer é decidir se deve ou não tratar um quisto com base no tamanho do quisto e na existência ou não de sintomas. A grande maioria dos quistos das vesículas seminais é assintomática. Se não houver sintomas e os quistos forem pequenos, deve esperar e observar. Se o quisto for grande e houver sintomas de pressão nas vesículas seminais ou mesmo hematoquezia, pode considerar-se o tratamento cirúrgico. Recomenda-se que considere a cirurgia laparoscópica do quisto da vesícula seminal para quistos com mais de 3 cm, que podem apresentar sintomas de compressão. Os quistos das vesículas seminais são uma lesão benigna e geralmente não são cancerígenos, pelo que, para a grande maioria dos quistos das vesículas seminais, é um caso de espera vigilante.