Os bebés que consomem probióticos geralmente podem ser vacinados, mas se o bebé tiver diarreia e outros sintomas de doença precisa de comer probióticos, recomenda-se que a doença melhore antes da vacinação. Os probióticos podem regular a flora intestinal, ajudar a digestão e a absorção dos alimentos, geralmente não afectam a eficácia da vacinação, pelo que o estado saudável da toma de probióticos durante a vacinação pode geralmente ser. No entanto, se o bebé tiver diarreia, vómitos, indigestão e outros sintomas, devido à necessidade de tomar probióticos para o tratamento da doença, não é recomendável tomar a vacina durante o período de doença, é necessário esperar que a diarreia e outros sintomas melhorem antes de poder tomar a vacina. Por conseguinte, os pais devem ter em atenção a necessidade de consultar o médico sobre as precauções a tomar antes da vacinação.