Uma prova de Mycobacterium tuberculosis negativa é uma prova que detecta um doente com um nível de ADN de Mycobacterium tuberculosis <500 cópias/ml, mas, por outro lado, uma prova de Mycobacterium tuberculosis negativa não significa necessariamente que o doente é normal, pois deve apresentar sintomas de tuberculose, razão pela qual o médico o enviou ao centro de testes para fazer esta prova. Isto deve-se ao facto de o nível de Mycobacterium tuberculosis no corpo do doente ser relativamente baixo e não atingir o limite inferior de detecção do instrumento de PCR, ou de a replicação dos genes de Mycobacterium tuberculosis nas fases iniciais da infecção ainda não ter atingido uma determinada quantidade, não chegando a 500 cópias/ml, e não ser detectada, o que é agora medicamente conhecido como período de janela. Neste caso, o doente é aconselhado a continuar a observar ou a rever, consoante os sintomas clínicos.