Como as pílulas contraceptivas de emergência são compostas por grandes doses de progesterona, os seus efeitos secundários são mais numerosos e têm efeitos secundários particularmente elevados. Recomenda-se que não sejam tomadas mais de três vezes por ano e que o intervalo entre duas tomas seja superior a quatro meses. A toma de pílulas contraceptivas de emergência duas vezes em dois dias pode ter um grande impacto no corpo da mulher, pelo que se recomenda que não sejam tomadas desta forma, pois podem afetar a função endócrina normal dos ovários após a toma das pílulas, levando a distúrbios menstruais, e podem também causar hemorragia vaginal irregular persistente. Estas mulheres devem tomar vitamina C e beber grandes doses de água para acelerar o metabolismo das pílulas contraceptivas de emergência no organismo. Se ocorrer uma hemorragia vaginal irregular, é necessário um tratamento sintomático de condicionamento hemostático.