Uma vez que a pílula contraceptiva de emergência é um progestagénio altamente eficaz, provoca um espessamento anormal do revestimento uterino na clínica, impedindo a implantação do óvulo fertilizado para atingir o objetivo da contraceção. Além disso, as pílulas contraceptivas de emergência também podem inibir a ovulação dos ovários para atingir o objetivo da contraceção. Por conseguinte, quer seja 1 mês após o aborto, quer seja noutro período de tempo em que se tomam pílulas contraceptivas de emergência, a situação clínica pode provocar perturbações menstruais. Isto deve-se principalmente à supressão da ovulação, que perturba a secreção cíclica de estrogénio e progesterona pelos ovários, e o padrão natural será perturbado, levando a perturbações menstruais. Uma vez que a progesterona provoca um espessamento anormal do revestimento uterino, pode também levar a hemorragias de privação.