O melhor momento para fazer um teste de HPV é 3-5 dias após a menstruação, pois o ambiente vaginal é melhor logo após a menstruação, e a espessura do endométrio é mais apropriada, com menos corrimento cervical e interferência externa mínima. Enquanto as mulheres forem sexualmente activas, precisam de ser testadas para o HPV uma vez por ano, pois existe uma relação estreita entre o vírus e a incidência de cancro do colo do útero. O teste pode ser feito durante todo o ano, de manhã e à tarde, dependendo do ciclo menstrual, e recomenda-se que seja feito após a menstruação. Antes de fazer o teste HPV cervical, não se deve ter relações sexuais ou usar medicação durante 2-3 dias antes do teste, caso contrário o resíduo da droga e o esperma podem afectar os resultados do teste.