No hipotiroidismo, o objectivo da terapia de suplementação com selénio é principalmente tratar certas doenças que causam o hipotiroidismo e prevenir a exacerbação ou progressão destas doenças, em vez de tratar o hipotiroidismo. No hipotiroidismo, a suplementação com selénio é muitas vezes um tratamento para a causa do hipotiroidismo, particularmente em casos de anticorpos elevados para tiroidite auto-imune e elevada peroxidase da tiróide. Alguns estudos descobriram que a terapia de suplementação com selénio pode reduzir o nível de anticorpos e prevenir o desenvolvimento futuro da tiroidite, incluindo a hipótese de tiroidite pós-parto, que também pode ser um pouco reduzida. Também após o tratamento com suplementação de selénio, estas alterações ultra-sonográficas na tiroidite progridem um pouco na direcção positiva, pelo que se pensa que o tratamento com suplementação de selénio é potencialmente eficaz nestas condições que podem causar hipotiroidismo, mas não há nenhum efeito directo da suplementação de selénio no hipotiroidismo para o melhorar.