As doenças das articulações, músculos, ossos, cartilagens e tendões são conhecidas como perturbações do tecido conjuntivo devido à grande quantidade de tecido conjuntivo contido nestas estruturas. Contudo, muitas doenças dos tecidos conjuntivos são de facto doenças auto-imunes porque envolvem uma resposta imunitária, em que o tecido conjuntivo desencadeia o sistema imunitário para lutar contra os seus próprios tecidos e produz anticorpos anormais para se ligar a estes tecidos (auto-anticorpos). A resposta imunitária é caracterizada pela inflamação, que em circunstâncias normais representa um processo de reparação dos tecidos e que se resolve a si própria quando a reparação está completa. No entanto, a inflamação nas doenças auto-imunes é uma inflamação crónica que leva frequentemente a danos nos tecidos normais, como na artrite reumatóide onde a inflamação crónica causa a destruição da cartilagem articular. É provavelmente porque a inflamação é desencadeada por anticorpos que circulam no sangue que na artrite reumatóide e em muitas outras doenças auto-imunes, a inflamação pode propagar-se a múltiplas articulações. Os tecidos conjuntivos dentro e à volta das articulações e noutros locais do corpo podem ficar inflamados. Os músculos, o pericárdio em torno do coração, o revestimento externo dos pulmões (pleura), e mesmo as meninges na superfície do cérebro podem ser afectados pela inflamação. O tipo e a gravidade dos sintomas dependem do(s) órgão(s) envolvido(s).