Os pacientes com fibrilação atrial podem experimentar diferentes tipos de complicações quando submetidos a ablação por radiofrequência em 5% a 7% dos pacientes. As complicações mais comuns e mais graves são acidente vascular cerebral, ataque isquémico transitório, tamponamento cardíaco, lesão do nervo frênico, e algumas complicações relativamente raras como a fístula atrioventricular do esófago e a estenose da veia pulmonar. A ablação por cateter de radiofrequência, para o tratamento de arritmias cardíacas, está disponível há mais de 30 anos e esta técnica está constantemente a ser aperfeiçoada. Para a fibrilação atrial paroxística onde a terapia com fármacos falhou, a ablação do cateter é uma indicação de Classe I. A ablação por cateter de fibrilação atrial inclui ablação linear do átrio esquerdo, ablação potencial de fractura atrial e isolamento vestibular das veias pulmonares. Com o isolamento eléctrico das veias pulmonares, taxas de manutenção do ritmo sinusal de 60% a 80% podem ser alcançadas um ano após o procedimento. Contudo, este tratamento tem uma taxa de sucesso relativamente baixa no tratamento de pacientes com fibrilação atrial não paroxística. Alguns estudos demonstraram que a ablação do cateter em pacientes com fibrilhação atrial é superior à terapia medicamentosa contínua. Embora a ablação do cateter em pacientes com fibrilação atrial possa resultar na formação de trombos perioperatórios que podem causar ataques isquémicos transitórios ou embolia cerebral, que se demonstrou em grandes estudos clínicos que ocorrem em aproximadamente 0,5% a 1% dos casos, a gravidade dos ataques isquémicos transitórios sintomáticos e a embolia cerebral associada à ablação transcatérmica da fibrilação atrial, independentemente da gravidade dos sintomas, tem um impacto significativo no estado cognitivo do paciente O prognóstico a longo prazo para a recuperação da função cognitiva e da função do organismo continua a ser relativamente bom. Para os doentes após a ablação da fibrilação atrial, a decisão de continuar a anticoagulação baseia-se na pontuação CHA2DS2-VASc. Em doentes com baixo risco de AVC, recomenda-se frequentemente parar a anticoagulação durante dois meses após a cirurgia, mas se a pontuação CHA2DS2-VASc for superior a 2, então recomenda-se a anticoagulação pós-operatória a longo prazo e a primeira escolha do doente é tomar um novo anticoagulante oral a longo prazo.