O melhor tratamento para os quistos uterinos é uma afirmação demasiado absoluta. A cirurgia é o principal tratamento para os quistos uterinos e os métodos incluem a cistectomia e a histerectomia. A cirurgia para quistos uterinos pode ser efectuada por laparoscopia ou por via transabdominal. A cistectomia simples é realizada para quem tem necessidades de fertilidade e tem quistos pequenos. Para aquelas que são inférteis, têm quistos grandes ou têm sintomas graves combinados com outras doenças uterinas, o cirurgião pode recomendar uma histerectomia. A doente deve ser vigiada de perto após a cirurgia para evitar hemorragias pós-operatórias e infecções pós-operatórias. Além disso, as relações sexuais e os banhos pélvicos são proibidos durante 3 meses após a operação, e a ducha vaginal é proibida. Por conseguinte, se os quistos uterinos forem diagnosticados na prática clínica, recomenda-se um tratamento precoce e normalizado para minimizar os efeitos adversos subsequentes da doença.