Como a RMN utiliza os núcleos de átomos de hidrogénio no corpo para se mover sob um campo magnético aplicado, é uma forma de imagem. Por conseguinte, não há radiação no corpo e até agora não foram relatados efeitos secundários da ressonância magnética no corpo no mundo. Contudo, devido à natureza relativamente confinada da ressonância magnética, os pacientes podem sentir-se receosos durante o exame, o que pode fazer com que o seu ritmo cardíaco aumente, mas isto é de curta duração e geralmente subsidia após o exame. Alguns pacientes podem sentir desconforto nos ouvidos durante a RM, que pode desaparecer após o exame.