Qualquer tratamento com medicamentos pode ter efeitos secundários e os medicamentos de terapia endócrina para o cancro da próstata não são certamente excepção. Descrevê-los-emos abaixo para que os possa compreender e prevenir, conforme apropriado. Como já descrito, ambos os medicamentos, estrogénio e anti-androgénio, tratam o cancro da próstata bloqueando a acção dos andrógenos. Mas os andrógenos no corpo, para além de promoverem o crescimento de células cancerosas da próstata, são eles próprios uma substância muito importante que desempenha um papel vital na promoção do desenvolvimento dos órgãos reprodutores, do aparecimento de características sexuais secundárias e do desenvolvimento do desejo sexual. Quando os andrógenos são reduzidos no corpo, algumas pacientes podem frequentemente sentir-se coradas e quentes, e podem mesmo experimentar a feminização do seio masculino com inchaço ou sensibilidade mamária, enquanto outras podem ficar facilmente fatigadas e sonolentas. Estes sintomas tendem a melhorar gradualmente e não requerem tratamento específico. Para além destes sintomas imediatos, os pacientes que se encontram há muito tempo em níveis de esgotamento de andrógenos podem sofrer efeitos adversos a longo prazo, geralmente incluindo osteoporose e atrofia muscular. O tratamento do cancro da próstata juntamente com a prevenção activa pode minimizar a ocorrência de eventos adversos. Deve ser novamente sublinhado que os pacientes devem tomar a sua medicação exactamente como prescrita pelo seu médico e não mudá-la ou interrompê-la por si próprios. Isto não só é prejudicial ao tratamento, mas quando certos sintomas ocorrem, é muito difícil para o médico fazer as medidas de gestão correctas sem saber como é que o paciente está realmente a tomar a medicação.