O tipo de antibióticos aplicados às infecções do trato urinário tem de ser selecionado individualmente de acordo com o estado do doente e, na clínica, são normalmente utilizados antibióticos como as quinolonas e os β-lactâmicos, como a levofloxacina e a cefuroxima. Se o sistema urinário estiver infetado, o tipo, a dose e o curso dos antibióticos têm de ser seleccionados de acordo com a localização da infeção do trato urinário e a presença de factores que complicam a sensação urinária. Normalmente, são escolhidos antibióticos sensíveis ao organismo causador da infeção e, com base na experiência clínica, são preferidos os antibióticos eficazes contra os bacilos gram-negativos, antes de se obterem quaisquer resultados patogénicos. Se os sintomas não melhorarem após 3 dias de tratamento, a medicação deve ser ajustada de acordo com os resultados da sensibilidade aos fármacos. Em caso de cistite simples, podem ser aplicadas quinolonas, cefalosporinas e outros antibióticos, como a levofloxacina e a cefuroxima. Se a pielonefrite estiver associada a febre e outros sintomas sistémicos, os doentes podem optar por penicilina ou cefalosporina, como a ampicilina, a ceftriaxona e outros tratamentos. Todos os medicamentos acima referidos devem ser utilizados sob a orientação de um médico para evitar a auto-medicação. A infeção do sistema urinário também pode ser tratada com outros antibióticos. Se o doente tiver uma infeção do sistema urinário, recomenda-se que se dirija atempadamente ao hospital, sob a orientação de um médico.