O prognóstico da cavitação medular está relacionado com a causa subjacente, o grau de comprometimento neurológico e a localização e extensão da cavidade. Os pacientes com deficiência neurológica moderada a grave têm um prognóstico mais fraco do que aqueles com deficiência ligeira. A resposta ao tratamento da cavitação central é fraca. O curso natural da cavitação espinhal não é conhecido. A literatura mais antiga mostra que 20% dos doentes morrem com uma idade média de 47 anos. As taxas de mortalidade podem ter diminuído devido aos avanços no nível da cirurgia e nas técnicas para o tratamento das complicações associadas à paralisia.