A melhor altura para beber enzima de limão é geralmente depois do almoço e 30 minutos depois do jantar. Não é fácil tomar enzima de limão com o estômago vazio porque é rica em ácido cítrico, que é um ácido e pode causar grande estimulação na mucosa do estômago. O consumo a longo prazo da enzima do limão pode levar à erosão da mucosa gástrica, refluxo ácido, náuseas, vómitos, até mesmo refluxo ácido, azia, e gastrite do refluxo biliar durante a noite. Se beber enzima de limão com o estômago vazio durante muito tempo ou antes de ir para a cama, também causará um aumento do peristaltismo no tracto gastrointestinal, levando a um sono instável, especialmente nas primeiras horas da manhã, quando haverá um aumento do número de movimentos intestinais e uma variação óbvia. Se a enzima do limão for tomada durante muito tempo, também irá promover a diarreia peristáltica gastrointestinal e conduzirá a náuseas, vómitos, refluxo ácido e azia à noite. Por conseguinte, a melhor altura para beber enzima do limão é 30 minutos após o almoço e 30 minutos após o jantar.