O metotrexato pertence a um tipo de fármaco quimioterapêutico, os seus efeitos secundários incluem efeitos no sistema sanguíneo, pode verificar-se uma diminuição dos glóbulos brancos e das plaquetas, os doentes podem desenvolver anemia e podem também ocorrer hemorragias e sépsis. Existem também reacções adversas gastrointestinais, após o uso de náuseas, vómitos, perda de apetite, e alguns doentes podem mesmo desenvolver úlceras pépticas. Após a utilização, a função hepática pode ficar comprometida, manifestando-se como transaminases elevadas, mas também pode manifestar-se como função renal comprometida, oligúria, ou mesmo distúrbios electrolíticos, cistite, etc. Algumas mulheres podem apresentar outras reacções adversas, como perturbações menstruais, erupções cutâneas, etc. As reacções adversas e os efeitos secundários específicos podem variar em função da condição física do doente.