Os fungos são raramente observados nas fezes de crianças pequenas e, se estiverem presentes, podem estar relacionados com a contaminação da amostra ou com infecções fúngicas causadas pela aplicação prolongada de antibióticos, hormonas, imunossupressores, etc. Os fungos são raramente observados nas fezes humanas normais. Se a amostra estiver contaminada por fungos antes do teste, pode causar resultados falso-positivos. Se não houver outros sintomas anormais, como diarreia, é necessário excluir a interferência da contaminação da amostra e voltar a recolher a amostra para o teste. Se causada por infeção fúngica intestinal humana, geralmente é principalmente devido à aplicação a longo prazo de antibióticos como a eritromicina, glicocorticóides como a dexametasona, imunossupressores como o metotrexato, levando a distúrbios da flora intestinal, disbiose intestinal e outras causas de infeção fúngica relacionadas. Quando os fungos aparecem nas fezes de crianças pequenas, a causa tem de ser esclarecida sob a orientação do médico, para que se possa efetuar um diagnóstico atempado e um tratamento ativo.