Os possíveis perigos dos quistos nasofaríngeos incluem: causar mau hálito, desconforto na garganta, facilidade em apanhar uma constipação, dores de cabeça, zumbidos, entupimento dos ouvidos, etc. Por conseguinte, os doentes com quistos nasofaríngeos devem dirigir-se a hospitais regulares atempadamente e sob a orientação de médicos para tratamento sintomático.
O quisto nasofaríngeo é também conhecido como fístula nasofaríngea mediana e cistite do muco faríngeo. Os doentes apresentam secreções purulentas na parte posterior da cavidade nasal, o que provoca uma halitose significativa durante a respiração, caso estas escorram para a garganta.
Quando a cavidade cística está atrésica, pode haver dor irradiada na região occipital, na maior parte das vezes uma dor persistente e baça, semelhante à cefaleia da sinusite pterigoide, muitas vezes acompanhada de rigidez dos músculos da parte posterior do pescoço, dor e dor, que se agrava ao virar a cabeça. Também pode haver zumbidos e uma sensação de congestão no ouvido. Alguns doentes podem ter febre.
O princípio do tratamento é a remoção ou destruição completa da mucosa da parede interna do saco faríngeo para evitar a recorrência, sendo frequentemente adoptadas a cauterização química e a excisão cirúrgica.