Os bebés e as crianças pequenas não são muito bons a expressar os seus sintomas de desconforto, pelo que os pais só os podem prever observando algumas das acções dos seus filhos. Isto causa os sintomas acima mencionados e o comportamento anormal da criança. As crianças e bebés são susceptíveis a infecções bacterianas e virais, uma vez que se encontram nas fases iniciais da construção do sistema imunitário e a sua resistência à infecção é baixa. O tratamento da conjuntivite em bebés e crianças é geralmente o mesmo que o da conjuntivite em adultos. O principal é evitar a infecção cruzada, usar a própria toalha e tentar fervê-la durante cerca de 10 minutos antes de a usar. É importante notar que as gotas não devem ser aplicadas directamente na córnea, mas devem ser aplicadas na conjuntiva da tampa inferior e depois fechadas. Como mencionado acima, o principal tratamento para a conjuntivite em bebés e crianças é o colírio, uma vez que as crianças não podem cooperar com o tratamento por si próprias, pelo que os pais precisam de seguir activamente as instruções do médico e aderir ao tratamento a fim de receberem melhores resultados.