A gastroscopia por cápsula magnética pode ser utilizada para examinar os intestinos, mas é necessário ter o cuidado de efetuar uma preparação adequada antes do exame, bem como de excluir contra-indicações. A gastroscopia de cápsula magnética pode ser utilizada para examinar o intestino delgado e o estômago. Doenças como úlceras intestinais, pólipos intestinais e doença de Crohn podem ser detectadas e avaliadas utilizando a gastroscopia de cápsula controlada magneticamente. Antes da endoscopia por cápsula magnética, recomenda-se o jejum e a preparação do intestino. Ao engolir a endoscopia por cápsula magnética, pode consumir-se uma pequena quantidade de água, mas é proibido mastigar, e não é permitido qualquer exercício extenuante. Para as pessoas em mau estado geral, inoperáveis ou que se recusaram a aceitar qualquer cirurgia abdominal, é proibido efetuar o exame, de modo a evitar que o material incorporado não possa ser removido. O exame é igualmente proibido a quem suspeite de obstrução ou estreitamento do tubo digestivo, da presença de implantes electrónicos, como pacemakers, ou a mulheres em período de gravidez. O teste deve ser efectuado por um médico profissional após uma avaliação rigorosa e não pode ser realizado por conta própria.