A cistite crónica pode ser detectada através de um exame de urina de rotina, mas, por vezes, pode ter de ser complementada com outros testes, não é um teste específico, por exemplo, também tem de ser complementada com cultura de urina, teste de sensibilidade a medicamentos, cistoscopia e outros testes para confirmar o diagnóstico. Quando ocorre uma cistite crónica, podem ocorrer anomalias na rotina da urina, como uma contagem elevada de glóbulos brancos, nitritos positivos, contagens bacterianas elevadas e outras alterações. No entanto, a cistite crónica não é necessariamente a causa, a pielonefrite, a inflamação do ureter, a inflamação da uretra também podem causar alterações semelhantes, que precisam de ser combinadas com os sintomas do doente ou com uma cistoscopia adicional para melhor esclarecimento. Se o desconforto do doente estiver localizado na parte inferior do abdómen e a cistoscopia mostrar congestão crónica e erosão da bexiga, o diagnóstico de cistite crónica pode ser confirmado. Através do exame de cultura de urina, a bactéria patogénica da infeção pode ser mais bem esclarecida e, de acordo com os resultados do teste de sensibilidade aos medicamentos, podem ser seleccionados medicamentos para efetuar o tratamento adequado.