O custo de uma RM melhorada depende do nível do hospital, da força do campo da máquina e do agente de contraste utilizado. Em geral, quanto maior o nível, maior a força de campo da máquina e menor a probabilidade de alergia ao agente de contraste, maior será o custo. Uma RM de 1,5T, por exemplo, custa mais de$400 para uma peça de varredura plana e mais$200 para um melhoramento. Para um melhor contraste, o preço será ainda mais elevado. Alguns pacientes necessitarão também de imagens funcionais, que depois adicionarão outra parte ao custo do teste. Portanto, o custo exacto variará dependendo das circunstâncias individuais do paciente e é aconselhável ir ao hospital onde o teste é realizado para uma consulta específica.