Os efeitos secundários dos bloqueadores H2 incluem náuseas, vómitos, tonturas, boca seca, obstipação, aumento do ritmo cardíaco, etc. Os bloqueadores H2 são eficazes na inibição da secreção de ácido gástrico e são utilizados principalmente no tratamento de úlceras gástricas e duodenais, e têm um forte efeito protector sobre a mucosa gástrica. Os efeitos adversos mais comuns da utilização a longo prazo são reacções gastrointestinais e, em alguns casos, reacções neurológicas, tais como vertigens e dores de cabeça. O uso a longo prazo do fármaco também pode levar à mastocitose nos homens e ao extravasamento do peito nas mulheres. A maioria destas reacções são leves e não requerem tratamento especial e desaparecerão após a descontinuação. Os efeitos secundários não se manifestam exactamente da mesma forma, dependendo da geração do fármaco e do tipo de corpo da paciente.