O principal perigo da endoscopia em cápsulas é que durante o procedimento, o endoscópio em cápsulas pode ficar alojado numa parte do tracto digestivo e não pode ser descarregado do corpo. A causa mais comum é em pacientes com inflamação ou úlceras no tracto digestivo, obstrução ou hemorragia do tracto digestivo, onde se forma um nicho e o endoscópio em cápsula fica alojado e não pode ser removido. Outra causa comum é uma malformação congénita do tracto digestivo, resultando em demasiadas restrições do tracto digestivo e a possibilidade do endoscópio em cápsula ficar alojado num determinado ponto. A inflamação crónica do aparelho digestivo, tumores no aparelho digestivo e a pressão de tumores fora do aparelho digestivo também podem causar o estreitamento do aparelho digestivo, o que pode levar a que o endoscópio em cápsula se aloje. Uma vez que o endoscópio em cápsula tenha entrado no corpo, demora normalmente 2-3 dias a expelir e precisa de ser monitorizado de perto.