Existem muitas semelhanças clínicas entre a estomatite de herpes e a faringite de herpes, e as diferenças incluem o seguinte: 1) o tipo de infecção viral é diferente; a estomatite de herpes é principalmente causada pela infecção pelo vírus do herpes simplex, enquanto que a faringite de herpes é principalmente transmitida pelo vírus do grupo A de coxsackie, e de um modo geral a faringite de herpes pode ser mais infecciosa; 2) o âmbito das lesões é diferente entre a estomatite de herpes e a faringite de herpes. A principal diferença entre a estomatite de herpes e a faringite de herpes é que as lesões de estomatite de herpes são principalmente na mucosa oral, incluindo mesmo a superfície da língua e a parte superior dos lábios, enquanto que as lesões de faringite de herpes estão principalmente confinadas ao istmo faríngeo, clinicamente incluindo o palato mole, o arco palatoglossal, a parte posterior da língua e outras partes relacionadas, e o herpes é muito limitado.