Para os doentes seropositivos, a detecção precoce e o tratamento são defendidos e é necessário iniciar uma terapia anti-retroviral altamente eficaz logo que o diagnóstico seja claro. Antes do tratamento, o estado geral de saúde do paciente, a presença de infecções oportunistas e a presença de contra-indicações a certos medicamentos anti-retrovirais devem ser primeiro esclarecidos. Uma vez identificada a causa da doença, o passo seguinte é dar tratamento antiviral o mais cedo possível. Os medicamentos antivirais hoje comummente utilizados incluem zidovudina, lamivudina, mifepristone, nevirapina, abacavir e clindamicina, entre outros. A combinação de dois medicamentos nucleósidos com um medicamento não nucleósido é normalmente utilizada para controlar o vírus e para reduzir a incidência de resistência aos medicamentos no paciente. O medicamento deve ser tomado regularmente como prescrito pelo médico para evitar a descontinuação do medicamento.