As manifestações clínicas dos defeitos do septo atrial dividem-se em três fases: infância, adolescência e idade adulta. A maioria dos defeitos do septo atrial na infância são assintomáticos, e a doença é detectada por um sopro cardíaco durante o exame físico de rotina, na infância, a doença pode se manifestar como fraqueza, falta de ar após a atividade, e grandes casos de shunt podem levar a volume sanguíneo insuficiente na circulação, o que afeta o desenvolvimento da criança, que é menor, emaciado, letárgico, sudorese e falta de ar após a atividade e é propenso a bronquiolite ou pneumonia devido à congestão dos pulmões, e quando ele chora e sofre de pneumonia ou insuficiência cardíaca. A pressão da aurícula direita pode exceder a da aurícula esquerda, com desvio temporário da direita para a esquerda e cianose; pode ocorrer insuficiência cardíaca e cianose persistente na idade adulta.