No final do século XIX, a maioria dos estudiosos acreditava que o fenómeno da imunidade era apenas uma resposta defensiva do corpo à invasão de agentes infecciosos externos, e que o corpo não produzia anticorpos aos seus próprios componentes tecidulares, o que era chamado de tolerância imunitária. Com o desenvolvimento da imunologia, o conceito de antigénios e anticorpos foi desenvolvido e aperfeiçoado, e a visão moderna é que a tolerância auto-imune é relativa. Este fenómeno deve ser considerado como uma resposta fisiológica normal do organismo. Apenas aqueles cuja regulação imunitária é perturbada, causando reacções auto-imunes descontroladas e excessivas, resultando em danos orgânicos e disfunções, são chamados doenças auto-imunes. O tratamento actual para uma vasta gama de doenças auto-imunes inclui o uso sistemático de medicamentos anti-infecciosos, medicamentos imunossupressores e imunomoduladores eficazes (ou seja, esteróides e proteínas inibitórias que bloqueiam a acção das citocinas inflamatórias). Contudo, para além de terem um forte efeito sobre a resposta imunitária normal, estes tratamentos não conseguiram, em alguns casos, proteger os doentes contra a recorrência da doença. Nos últimos anos, estudiosos têm vindo a explorar a forma como as células estaminais podem ser utilizadas para tratar anomalias auto-imunes. A lógica desta abordagem tem-se centrado na terapia experimental com células estaminais para lúpus, artrite reumatóide e diabetes tipo I. Existem actualmente dois tipos principais de transplante de células estaminais: o transplante autólogo de células estaminais e o transplante alogénico de células estaminais. O método geral do chamado TCTH autólogo (ou seja, do “self”) é o seguinte: primeiro, o paciente recebe uma injecção de um factor de crescimento que permite que um grande número de células do TCTH entre na corrente sanguínea a partir da medula óssea. Estas células são então recolhidas do sangue, separadas das células imunitárias maduras, e armazenadas. Uma vez obtida uma quantidade suficiente de células estaminais, o paciente é tratado com medicamentos citotóxicos (morte de células) e/ou radiação para remover as células imunitárias maduras. As células estaminais hematopoiéticas são então transformadas no sangue circulante, onde migram para a medula óssea e começam a diferenciar-se em células imunitárias maduras. O sistema imunitário do corpo é então reconstruído. Há um risco de recidiva de doença com esta abordagem. BURT e os seus colegas realizaram um acompanhamento a longo prazo (1-3 anos) de sete pacientes com lúpus que foram submetidos a este tratamento e descobriram que os pacientes não tinham lúpus activo e continuaram a melhorar sem o uso de terapia de resistência imunitária após o transplante. O transplante alogénico de células estaminais envolve a recolha de células estaminais de um corpo alogénico através do acasalamento posterior, e uma vez obtida uma quantidade suficiente de células estaminais, o paciente é tratado com medicamentos citotóxicos (citocidas) e/ou radiação para remover as células imunitárias maduras. As células estaminais hematopoiéticas são então transformadas no sangue circulante, onde migram para a medula óssea e começam a diferenciar-se em células imunitárias maduras. O sistema imunitário do corpo é então reconstruído. A principal desvantagem deste método é a reacção de rejeição.