Existem diferenças entre a primeira e a segunda geração de FIV, tanto em termos de indicações como de funcionamento. Em primeiro lugar, as indicações para a FIV destinam-se principalmente a homens com oligozoospermia moderada e alguma grave e espermatozóides malformados ligeiros a moderados, e a mulheres com repetidas IUIs falhadas, endometriose, síndrome do ovário poliquístico e obstrução tubária. A FIV de segunda geração é um complemento e um derivado da tecnologia de FIV de primeira geração e destina-se principalmente a homens com oligospermia grave, azoospermia obstrutiva e espermatozóides malformados graves, bem como a pacientes com insucessos repetidos de fertilização por FIV. Em segundo lugar, em termos de operação técnica, a FIV de primeira geração consiste em colocar espermatozóides e óvulos num líquido de cultura e combiná-los no seu estado natural para completar o processo de fertilização e o subsequente processo de divisão. Na FIV de segunda geração, os espermatozóides de melhor morfologia e viabilidade são seleccionados artificialmente e injectados no citoplasma do óvulo para completar o processo de fertilização, seguido do mesmo processo de divisão que na FIV de primeira geração. Não há diferenças significativas entre as duas em termos de taxas de gravidez, do processo de divisão embrionária, da proporção de embriões de boa qualidade ou da segurança da descendência.