Não existe uma colonoscopia que possa ser realizada durante vários anos de cada vez, porque a colonoscopia é uma técnica de exame que só é utilizada para diagnosticar a doença quando esta ocorre. Embora seja possível realizar procedimentos sob o colonoscópio, como a colheita de amostras ou a realização de tratamentos simples, o resultado exacto do tratamento depende do estado da doença. Para doenças intestinais mais leves, tais como úlceras, se o tratamento for relativamente eficaz, a doença pode não se repetir durante toda a vida. No entanto, se a doença for neoplásica, pode permanecer por muito tempo e causar desconforto com relativa frequência. Por conseguinte, o prognóstico deve ser julgado com base na condição e não no tratamento.