A melhor altura para tratar a encefalopatia isquémico-anóxica neonatal é quando o diagnóstico da doença é claro, uma vez que a ênfase é colocada no tratamento abrangente, no tratamento precoce e na terapia adequada. A causa mais comum da encefalopatia hipóxico-isquémica neonatal é o sofrimento intrauterino, como uma frequência cardíaca fetal inferior a 100 batimentos por minuto durante mais de cinco minutos, ou a contaminação de terceiro grau do líquido amniótico, que resulta numa asfixia significativa durante o parto. Uma vez confirmado o diagnóstico de encefalopatia hipóxico-isquémica neonatal, é necessário um tratamento sintomático imediato para garantir a saturação de oxigénio, controlar o edema cerebral, manter a pressão arterial e a glicemia normais, bem como um tratamento anticonvulsivo, se necessário, para manter a estabilidade do ambiente interno da criança. Se necessário, é efectuada uma reabilitação durante o período de recuperação. A prevenção da encefalopatia isquémica neonatal é mais importante do que o tratamento. O tratamento imediato do sofrimento intrauterino, o fim do trabalho de parto o mais rapidamente possível e a reanimação do bebé após a asfixia do nascimento podem reduzir a incidência da encefalopatia isquémica neonatal.