Os anestésicos têm efeitos secundários no organismo, uma vez que são medicamentos que têm como alvo o sistema nervoso e podem permanecer nas células cerebrais durante um período de tempo mais longo após o efeito anestésico ou do sono. Os efeitos secundários dos anestésicos incluem sonolência, confusão, alterações de humor e pensamento anormal, podendo causar reacções alérgicas e outros efeitos secundários. Os efeitos secundários são comuns a todos os medicamentos, mas normalmente desaparecem com relativa rapidez com medicamentos qualificados e, devido ao ciclo metabólico do medicamento, não têm um efeito vitalício no doente após a aplicação. A maioria dos anestésicos só afecta o organismo durante um curto período de tempo e, após a meia-vida do medicamento, os efeitos são eliminados e o doente pode viver uma vida normal. A menos que ocorra um acidente anestésico grave, a vida do doente pode estar em risco.