A cirurgia é necessária para todos os tipos de malformações anorretais congénitas. Contudo, o momento e o tipo de cirurgia podem variar dependendo do tipo de malformação e do tamanho da fístula. Os métodos cirúrgicos actuais incluem: excisão da fístula com suturas em camadas, reparação de retalho móvel rectal e cirurgia sacro-abdominal perineal. O objectivo da cirurgia é restaurar a função intestinal com controlo normal. As fístulas rectovaginais são difíceis de operar devido às causas complexas, à variedade de fístulas, infecções pós-operatórias, altas taxas de recorrência e depois a escolha do procedimento é extremamente importante para se alcançar um resultado bem sucedido. A fístula é excisada e suturada em camadas e pode ser reparada vaginal ou rectalmente. A vantagem é que o procedimento é simples e fácil de executar. A desvantagem é a elevada taxa de recorrência e a necessidade de fornecimento de sangue adequado ao retalho muscular da mucosa, devido à tensão na sutura e separação desigual do tecido rectal ou vaginal. 2. reparação de retalho rectal móvel Noble usou pela primeira vez uma reparação de retalho rectal móvel em 1902 para tratar fístulas rectovaginais. A maioria dos estudiosos concluiu recentemente que este método deveria ser preferido para a reparação de fístulas rectas baixas. 3. cirurgia sacro-abdominal perineal Como o elevador anal está apenas a cerca de 1,5 cm do ânus em recém-nascidos, é muito fácil danificar o anel puborrectal ao separar o recto no períneo. A incisão sacrococcígea permite que o anel puborrectal seja claramente identificado e que o recto seja facilmente separado e removido para fístulas com aberturas altas. O procedimento é adequado para crianças com mais de 6 meses de idade. Em casos de anomalias anais congénitas e fístulas rectovaginais, deve ser dada atenção: (1) à abordagem cirúrgica e ao método de operação; (2) à adequação das extremidades rectais livres; (3) à prevenção de infecções graves; e (4) à libertação adequada das extremidades da mucosa rectal para se conseguir uma sutura sem tensão. Atresia anal combinada com fístula rectovaginal baixa: nos casos em que a fístula é pequena e há dificuldade em defecar após o nascimento, pode ser feito um estoma neonatal. Se a fístula parecer estar muito próxima da abertura vaginal, é realizada uma anoplastia após 4-5 anos de idade. Se a fístula vaginal for grande e as fezes passarem livremente, a cirurgia precoce não é necessária, mas é mais apropriada aos 3 a 5 anos de idade. Para as fístulas rectovaginais adquiridas, especialmente as de origem médica, o momento da cirurgia deve ser cuidadosamente escolhido e o paciente não deve ser operado imediatamente porque quer. A cirurgia deve esperar até que toda a inflamação tenha diminuído e a cicatriz amolecida, 3 meses após a lesão ou reparação ter sido realizada. Se a fístula for grande, deve esperar 6 meses. Também toda a inflamação deve ser devidamente drenada.