A Chlamydia trachomatis pode causar uma condição de infecção inflamatória em várias partes do corpo. Por exemplo, o local mais comum é uma infecção ocular, referida como tracoma. Se uma pessoa com conjuntivite for suspeita de ter tracoma, será feito um teste de descarga relevante para procurar o agente patogénico. Um resultado positivo para a Chlamydia trachomatis resultará num diagnóstico definitivo de tracoma; um resultado negativo não excluirá um diagnóstico de tracoma a 100%. Isto porque nenhum teste é 100% preciso, ou sensível, e existe uma certa taxa de falsos positivos e falsos negativos. Isto deve então ser combinado com as características clínicas do paciente, tais como congestão conjuntival característica, vasos sanguíneos borrados, um grande número de folículos visíveis no olho, e opacidades vasculares da córnea que se podem desenvolver ao longo do tempo. Nos critérios de diagnóstico do tracoma, uma Chlamydia trachomatis positiva não é uma condição necessária e o diagnóstico é baseado na apresentação clínica típica. Como as complicações do tracoma são numerosas e graves, o tratamento pode ser iniciado se houver suspeita de tracoma. Os antibióticos são utilizados rotineiramente, sendo os mais sensíveis actualmente do tipo macrolídeo, mas no caso da clamídia, vários tipos de antibióticos são relativamente sensíveis e podem ser consideradas combinações apropriadas. A Chlamydia trachomatis pode também infectar os genitais e causar infecções do tracto urinário. Um teste de urina, especialmente uma cultura de urina, pode determinar a presença da infecção por Chlamydia trachomatis. A base do tratamento são os antibióticos, que também podem ser administrados sistemicamente, e a duração do tratamento é frequentemente longa, pelo menos 1 a 2 meses em princípio. No caso de Chlamydia trachomatis negativa, é ainda necessária uma visita ao oftalmologista para considerar um diagnóstico final após um exame oftalmológico minucioso.