A intolerância à lactose devido à diarreia é secundária e o tempo de recuperação varia consoante o indivíduo, sendo geralmente de 2 a 8 semanas. As infecções intestinais bacterianas, virais ou parasitárias podem levar a diarreia crónica, causando danos extensos nas células epiteliais intestinais e afectando as vilosidades da mucosa intestinal, que são incapazes de segregar a enzima lactase, impedindo que parte da lactose seja decomposta e absorvida, o que leva à intolerância secundária à lactose. As vilosidades danificadas do epitélio intestinal têm normalmente de ser reparadas em 2 a 8 semanas, altura em que a secreção de lactase voltará gradualmente ao normal. Dependendo da condição física do indivíduo, pode demorar pelo menos 2 semanas para os doentes com recuperação rápida e até 2 meses para os doentes com recuperação lenta. Se a diarreia for a causa da intolerância à lactose, recomenda-se que se dirija ao hospital o mais rapidamente possível para um tratamento específico sob a orientação do médico.