A escolha da punção com agulha fina para as doenças da tiróide também tem certos riscos. As complicações podem facilmente ocorrer durante a punção cirúrgica, geralmente em pacientes com tumores malignos, o que pode levar à implantação de células tumorais metastáticas e é também uma complicação grave. Alguns doentes são propensos a lesões laterais durante a punção, normalmente lesões glandulares que podem levar a hemorragias e lesões vasculares que podem ser secundárias à hemorragia. Os doentes com lesões nervosas podem sentir dor, dormência e mesmo pronúncia anormal. É melhor ser guiado por ultra-sons coloridos durante a punção para reduzir significativamente a possibilidade de complicações. Alguns doentes são propensos a inflamação local após a punção, ou seja, infecção, que pode ser tratada com medicamentos anti-inflamatórios orais. Contudo, a punção geral da tiróide é necessária para clarificar a natureza do nódulo tireoideano e o risco global é baixo para um cirurgião experiente.