As colonoscopias demoram geralmente entre quinze minutos a uma hora. Se o paciente for cooperante durante a colonoscopia e não for encontrada nenhuma doença intestinal, então a colonoscopia demorará apenas cerca de quinze minutos. No entanto, se o paciente não cooperar e não estiver totalmente relaxado, isto pode afectar a duração do exame. Se a colonoscopia sugerir doença, tal como pólipos de cólon, então poderá ser necessária uma polipectomia colonoscópica, que levará algum tempo adicional, e quanto mais pólipos houver, mais tempo demorará, possivelmente até uma hora. Além disso, se a colonoscopia for indolor, ou seja, sob anestesia geral, demorará mais tempo do que uma colonoscopia normal e pode demorar mais de meia hora ou mesmo mais de uma hora.