A probabilidade de sequelas da craniotomia é de cerca de 3%-5%. No entanto, existem determinados factores condicionantes de qualquer craniotomia, tais como traumatismo crânio-encefálico, doença vascular, tumor cerebral, etc. Se estas doenças tiverem causado sequelas anteriormente, a craniotomia não as curará completamente, mas apenas reduzirá o seu desenvolvimento numa fase posterior, pelo que este facto deve ser esclarecido. Após a craniotomia, podem também surgir algumas sequelas, sendo as mais comuns as dores de cabeça e as tonturas, que podem ser curadas posteriormente com um tratamento regular, incluindo medicamentos e até oxigénio hiperbárico, e que não são particularmente graves. Para além disso, há também dormência e fraqueza dos membros e disfunção da fala, que estão muitas vezes relacionadas com a localização da lesão e não ocorrem em todas as pessoas. A ocorrência de epilepsia pode estar presente na população em geral após a craniotomia, pelo que é importante tomar medicamentos anti-epilépticos orais durante um período de tempo após a cirurgia para reduzir a ocorrência de sequelas pós-epilépticas.