Os transplantes de medula óssea não são na realidade idênticos aos transplantes de órgãos. O que é convencionalmente referido como transplante de medula óssea é na realidade a colheita da medula óssea do doador, ou células estaminais do sangue do doador. O transplante de órgãos, por outro lado, é principalmente a colheita de órgãos substanciais do doador, tais como os pulmões, coração e fígado, e a colheita não é exactamente a mesma que um transplante de medula óssea. Assim, tecnicamente, um transplante de medula óssea também pode ser chamado de transplante de órgão na direcção geral, mas é muito diferente de um transplante substantivo de órgão. Isto porque quando um transplante de órgão entra no corpo, é principalmente o hospedeiro que rejeita o órgão transplantado, enquanto que um transplante de medula óssea é, pelo contrário, principalmente enxerto-versus-hospedeiro. No entanto, os medicamentos utilizados para mitigar os efeitos da rejeição do enxerto são parcialmente os mesmos, sendo ambos tratados com medicamentos imunossupressores. Os transplantes de medula óssea não são portanto exactamente os mesmos que os transplantes de órgãos, e podem ser relativamente mais severos do que os transplantes de órgãos. O tratamento utilizado antes do transplante também não é exactamente o mesmo que para o transplante de órgãos, e o transplante de medula óssea é mais perigoso e arriscado do que o transplante de órgãos. Por conseguinte, o transplante de medula óssea e o transplante de órgãos não são tratamentos idênticos, nem são tratamentos idênticos para a mesma doença, pelo que não podem ser equiparados um ao outro.