Após 28 dias de desregulação, o transplante ocorre normalmente cerca de 2-3 semanas. Normalmente, opta-se pela injeção de análogos da GnRH-a de ação prolongada, agonistas da hormona libertadora de gonadotropinas, 1-2 dias após o início da menstruação. 28 dias após a desregulação, é necessário efetuar colheitas de sangue e ecografias para verificar se a desregulação está ou não de acordo com as normas. Se os critérios de desregulação forem cumpridos, pode ser efectuada uma terapia de substituição hormonal. Os ciclos de substituição hormonal iniciam-se normalmente com estrogénios, como os comprimidos de valerato de estradiol, e é necessário realizar novamente uma ecografia após 12 dias de utilização da medicação para verificar a espessura do revestimento do útero. Quando a espessura do endométrio o permite, podem ser adicionados progestagénios, como a progesterona e a didrogesterona, para a transformação endometrial, e o transplante pode ser efectuado após 4 dias de transformação endometrial. Dado que o endométrio tem de ser avaliado antes do transplante, o momento exato do transplante tem de variar de pessoa para pessoa após 28 dias de desregulação, normalmente 2-3 semanas. Se o transplante for necessário, recomenda-se que siga as instruções do médico especialista em fertilidade.