O risco de um segundo bypass é maior do que o da primeira cirurgia, e pode ser combinado com complicações como infeção, oclusão vascular, derrame pleural, e até mesmo parada cardíaca e morte súbita. A cirurgia de bypass requer um tórax aberto e uma paragem cardíaca e, se os cuidados pós-operatórios não forem adequados, existe uma certa probabilidade de atraso na cicatrização do esterno e de infeção da ferida, podendo também ser difícil acordar. Um segundo bypass é geralmente indicado para pessoas que têm um vaso de ponte ocluído após a cirurgia de bypass cardíaco, ou uma artéria coronária bloqueada que não é bem tratada com medicação e é difícil de colocar um stent. No entanto, a cirurgia de bypass secundário pode ser dificultada devido ao número limitado de locais de bypass e vasos disponíveis para reoperação; agravamento gradual da condição e mau estado geral; e a presença de aderências após a primeira cirurgia. Recomenda-se sempre a realização de um bypass secundário num hospital normal após avaliação por um médico e a atenção ao uso correto da medicação após a operação.