A nefrolitotripsia com agulha tem um diâmetro exterior fino e um espaço operatório pequeno, pelo que só é adequada para um pequeno número de doentes que necessitam de nefrolitotripsia com uma pequena carga de cálculos.
O principal método de nefrolitotomia percutânea consiste em utilizar uma agulha fina para perfurar desde a parte posterior da cintura até à pélvis renal ou ao cálice, sob a localização de imagens como a ecografia ou a radiografia, de modo a dilatar e estabelecer um canal externo da pele até ao rim, e depois será realizada uma série de operações de litotrícia ou litotripsia sob o nefrolitoscópio.
A nefrolitotomia percutânea é adequada para a maioria dos cálculos renais que requerem intervenção cirúrgica, incluindo cálculos renais com menos de 2 cm que são ineficazes na litotrícia extracorporal ou acompanhados de hidronefrose óbvia, e cálculos renais com tamanho igual ou superior a 2 cm. É importante notar que este procedimento é contraindicado para pessoas com perturbações da coagulação sanguínea, pessoas demasiado obesas para que a agulha de punção chegue ao rim e pessoas com deformações da coluna vertebral.
Em caso de desconforto, recomenda-se que se consulte um médico atempadamente para diagnóstico e tratamento.