Clinicamente, não existe um colírio sem efeitos secundários. De um modo geral, a maior parte dos colírios, para serem conservados a longo prazo, adicionam alguns conservantes. Se forem utilizados a longo prazo, podem provocar lesões oculares, nomeadamente lesões na córnea e no epitélio da conjuntiva, bem como olho seco e outros sintomas. Mesmo no caso dos colírios sem conservantes, os próprios medicamentos podem produzir determinados efeitos secundários. Por exemplo, alguns colírios antibacterianos e antivirais podem afetar negativamente o ambiente periocular do doente, e alguns colírios que contêm hormonas podem também provocar o aumento da pressão intraocular do doente, prejudicando assim a função das glândulas oculares e aumentando as probabilidades de lesões. Por conseguinte, a utilização de colírios deve ser feita corretamente, sob a orientação de um médico profissional, e não deve ser feita às cegas, o que pode provocar efeitos adversos.