O omeprazol não é recomendado para mulheres que estão a amamentar, uma vez que a excreção através do leite materno pode ser sugada pelo bebé. O omeprazol tem certos efeitos secundários, tais como causar elevação anormal de transaminases no fígado e possivelmente sonolência, insónia e inflamação do nervo periférico, pelo que pode ter um efeito maior no bebé e não é recomendado e outros medicamentos podem ser considerados para tratamento. O omeprazol é principalmente utilizado para tratar úlceras gástricas e úlceras duodenais, e também a esofagite de refluxo pode ser tratada com este medicamento. É melhor investigar a causa da doença antes de administrar a medicação apropriada. É importante ser cauteloso ao administrar medicação durante a amamentação, uma vez que alguns medicamentos são excretados através do leite materno e podem afectar o crescimento e desenvolvimento do bebé se forem absorvidos.