A melhor altura para conservar as amostras de expectoração deve ser antes da administração de medicamentos antibacterianos, utilizando a segunda expectoração no início da manhã. Para a pneumonia bacteriana comum, as amostras de expectoração são colhidas e enviadas para exame uma vez por dia durante 2-3 dias. Geralmente, não se recomenda a colheita de amostras múltiplas e o envio para exame no espaço de 24 horas, a menos que haja uma alteração significativa no aspecto e no carácter da expectoração. Nos doentes com suspeita de infecção por Mycobacterium, a expectoração deve ser colhida durante três dias consecutivos e a expectoração deve ser enviada para exame de manhã cedo. Deve ser praticada uma assepsia rigorosa, utilizando copos de cultura estéreis especiais, e as amostras de expectoração devem ser conservadas em quantidade suficiente para evitar a contaminação com a flora normal. As amostras de expectoração também devem ser enviadas atempadamente para evitar a morte ou a multiplicação de organismos primários nas amostras de expectoração, de preferência dentro de meia hora e não mais de duas horas. Além disso, os espécimes que estão atrasados ou a aguardar processamento devem ser armazenados a 4°C e os espécimes preservados devem ser processados no prazo de 24 horas.