A endoscopia por ultra-sons é diferente da gastroscopia na medida em que a gastroscopia só pode detetar lesões na camada mucosa, enquanto que para as lesões submucosas, se a superfície da lesão for muito lisa, não há forma de a gastroscopia a identificar e não há forma de realizar uma biopsia patológica para identificar a natureza da lesão. A endoscopia por ultra-sons é necessária para avaliar melhor a origem e o nível da lesão elevada e as suas alterações ecogénicas, bem como para determinar a natureza da lesão, se se trata de um tumor mesenquimal, de um tumor do músculo liso ou de um lipoma. A endoscopia por ultra-sons ajuda a orientar o tratamento posterior, e a endoscopia por ultra-sons não serve apenas para o diagnóstico, mas também para o tratamento. Na chamada endoscopia por ultra-sons fan-scan, é possível efetuar tratamentos de intervenção, como punção, drenagem, incisão e colocação de stents, sob a orientação da sonda de ultra-sons.