Nem todos os quistos do mediastino requerem uma biopsia por punção. Está contra-indicada se existirem contra-indicações para a punção, mas pode ser efectuada se o quisto for difícil de diagnosticar e não existirem contra-indicações.
A biopsia por punção é um exame útil para o diagnóstico de quistos do mediastino e a maioria dos quistos do mediastino pode ser detectada como benigna ou maligna através da biopsia por punção. No caso de doenças difíceis de diagnosticar e para as quais não existem contra-indicações relevantes, tais como doentes com tendência hemorrágica grave, enfisema, doença cardíaca pulmonar ou insuficiência cardíaca, a biopsia por punção pode ser efectuada para determinar o seu estado benigno ou maligno.
A realização ou não de uma biópsia por punção deve ser orientada pelo médico para fazer a melhor escolha de acordo com o estado atual do doente e não deve ser realizada sem autorização para evitar acidentes.