O tamanho dos quistos poplíteos não é uma indicação absoluta para cirurgia, e os quistos poplíteos que são assintomáticos normalmente não necessitam de tratamento cirúrgico.
Geralmente, quando um cisto poplíteo cresce para mais de 2 cm, pode pressionar os tecidos circundantes e causar dor local ou pressionar os nervos na parte de trás e causar dormência nos membros inferiores, ou pode causar movimento da articulação do joelho devido ao aumento do tamanho do cisto poplíteo. Neste caso, o quisto tem de ser removido.
Os métodos de remoção do cisto incluem incisão e excisão tradicionais e remoção artroscópica do joelho, na qual o cisto é encontrado, o fluido do cisto é drenado do interior do cisto e a parede do cisto é removida, e a região posterior do joelho é enfaixada com pressão após a operação para evitar a recorrência do cisto.
A cirurgia pode ser considerada para cistos poplíteos com mais de 2 cm de tamanho e que tenham um impacto no trabalho e na vida.
Recomenda-se que a cirurgia para os quistos poplíteos seja realizada num hospital normal.