Clinicamente, o local mais provável de embolia na fibrilhação auricular é o cérebro, quer seja causada por doença valvular ou fibrilhação auricular não valvular. A razão para isso é que, na fibrilação atrial, a função de contração atrial é enfraquecida, e um trombo é formado na parede do apêndice, e uma vez que o trombo é desalojado, pode causar embolia cerebral. Para além do cérebro, as artérias dos membros superiores e inferiores e as artérias mesentéricas podem causar embolia. Portanto, clinicamente, os pacientes com fibrilação atrial devem ser ressuscitados o máximo possível. Os doentes que não podem ser retomados sem contra-indicações para a anticoagulação precisam de tomar medicamentos anticoagulantes regularmente, enquanto controlam a frequência cardíaca, mantêm a função cardíaca e fazem exames regulares.