O momento ideal da cirurgia depende de uma série de factores, incluindo a complexidade da malformação congénita, a idade e peso da criança, e o desenvolvimento geral e estado nutricional da criança. Para um coração congénito simples, recomenda-se a idade de 1 – 5 anos, pois ser demasiado jovem aumenta o risco de cirurgia devido ao baixo peso e ao fraco desenvolvimento geral e estado nutricional; ser demasiado velho aumenta o aumento compensatório do coração, e em alguns casos até aumenta a pressão da artéria pulmonar, o que também aumenta a dificuldade da cirurgia e o tempo de recuperação após a cirurgia. Em casos de hipertensão pulmonar combinada, anomalias congénitas graves que afectam o crescimento e o desenvolvimento, anomalias com risco de vida e anomalias complexas que requerem cirurgia por fases, quanto mais cedo melhor, independentemente da idade.